甲狀腺切除後容易產生甲減或甲狀旁腺功能低下，甲減通常表現乏力、愛睏、體重上漲，重者可以出現多漿膜腔積液，包括胸腔積液、腹腔積液、心包積液等。化驗單呈現T3、T4水平下降，促甲狀腺即素TSH水平上升，此時根據TSH的情況，酌情用甲狀腺素片進行終身替代治療。

此外，甲狀腺切除術後可以損傷甲狀旁腺，造成甲狀旁腺功能低下，臨床表現為抽搐甚至癲癇，化驗單呈現低血鈣，PTH即甲狀旁腺素減低，甲狀旁腺掃描減弱。根據PTH情況以及血鈣和24小時的尿鈣水平，可以進行補鈣和補維生素D的治療，使血鈣維持到正常水平下限，PTH終身不能恢復，需要維生素D的治療。