甲減患者生下的寶寶通常不會很聰明，相反會影響寶寶大腦智商發育。甲狀腺素可促進胚胎中樞神經系統發育，患者如有甲減，意味著缺乏甲狀腺素T4，T4水平降低，寶寶自己能產生甲狀腺素前，大腦中樞神經系統發育得不到較好成長，甲減患者通常生的寶寶可出現智力障礙，稱呆小症，小是因為缺乏甲狀腺素，骨骼生長亦會減慢。

甲減患者懷孕前，應將甲狀腺功能調到正常，懷孕後每月應去監測甲狀腺功能，甲狀腺功能如有異常，應邊服藥邊調理，儘可能保證妊娠期間，甲狀腺功能處在合理、正常範圍內，才能儘可能減少由於甲狀腺素缺乏而導致中樞神經系統發育障礙的發生。部分患者懷孕後，應堅持吃藥，分娩後，亦應複查甲狀腺功能，以明確藥物劑量是否需要調整。