少數甲狀腺功能減退屬於一過性，一般不會遺留較長時間。最常見亞急性甲狀腺炎引起的甲狀腺功能減退，治療後基本可以徹底治癒，無需長期用藥。大多數甲狀腺功能減退以後較難完全治好，尤其自身免疫性甲狀腺炎導致的甲狀腺功能減退，還包括手術操作不當導致甲狀腺功能減退，例如甲狀腺手術時甲狀腺組織切除過多。

甲亢患者在碘-131治療時所引起的甲狀腺功能減退無法徹底治癒，因為甲狀腺組織被破壞以後功能無法完全恢復。只能通過終身服用甲狀腺激素補充，使機體甲狀腺功能維持正常範圍，但通常不會影響日常生活。