橋本氏甲狀腺炎目前無完全根治的方法。其病理特點為自身免疫系統紊亂，導致體內TGA和TPOA，即甲狀腺球蛋白抗體與甲狀腺過氧化物酶抗體顯著增高，從而影響甲狀腺素的合成。

因此，患者較容易出現甲狀腺功能減退的症狀，而目前針對降低此類抗體的治療並無較好的特效藥。對於橋本甲狀腺炎患者，通常採用定期追蹤和觀察，以及檢查甲狀腺功能的方法進行檢測。若出現甲狀腺功能減退，則應該補充甲狀腺素。若甲狀腺功能正常，應定期觀察。

少部分患者可能出現甲亢的表現，此時可以採用抗甲亢藥物進行治療。此外存在學者研究發現部分含硒的藥物可以降低此類抗體，而藥物效果因人而異，部分患者服用效果較好，部分患者服用效果並不理想。橋本甲狀腺炎的患者是否服用含硒的藥物，應聽從醫生的醫囑。