慢性淋巴細胞性甲狀腺炎需要根據甲狀腺功能不同，選擇不同的治療方法。慢性淋巴細胞性甲狀腺炎又稱橋本氏病，患者容易出現甲減。甲減時需要應用甲狀腺激素治療，補充體內甲狀腺激素，多數慢性甲狀腺炎患者服用優甲樂治療。部分橋本氏病患者合併甲亢，稱為橋本氏病甲亢，此時治療方法與普通甲亢相同，需要服用賽治、丙硫氧嘧啶等。

輕度橋本氏病甲亢可以觀察，無需抗甲狀腺藥物治療，也可能間隔一段時間後甲功會恢復正常。極少部分患者在甲亢和甲減之間來回變化，此時需要根據甲狀腺功能來選擇藥物。橋本氏病甲狀腺功能正常時，西醫治療一般可以選擇硒酵母片，對降低抗體有一定作用，也可以觀察不治療。橋本氏病不論甲狀腺功能情況如何，均可以根據中醫辨證選用中藥治療。