淋巴細胞性甲狀腺炎屬於自身免疫性疾病，不能用抗生素，嚴重時患者可以用激素抑制自身過強的免疫力。另外，由於此病長期慢性對甲狀腺破壞，會影響甲狀腺功能，這時甲狀腺所分泌的甲狀腺素可能會低。出現甲狀腺機能減退時患者需要口服外源性甲狀腺素，即優甲樂。慢性淋巴細胞性甲狀腺炎有一定惡變幾率，如果產生結節，不能除外惡變時也需要考慮做手術。

淋巴細胞性甲狀腺炎是自身產生抗體，特別是甲狀腺球蛋白抗體等抗體，針對自己的甲狀腺組織，會破壞甲狀腺組織。而破壞後甲狀腺組織還有自我再修復過程，破壞和再修復反覆發生就可能造成大量纖維細胞增生，出現淋巴細胞浸潤，稱為慢性淋巴細胞性甲狀腺炎。