闌尾炎是由於糞石梗阻，導致闌尾腔內細菌滋生所引起，所以，其用藥需要針對主要細菌來選取。因為引起其感染的細菌主要是由大腸埃希菌、糞球菌、厭氧菌等所組成，所以可以選用頭孢類抗生素，例如頭孢呋辛鈉、頭孢哌酮鈉、頭孢哌酮、舒巴坦鈉等。而針對厭氧菌，可以選用甲硝唑、奧硝唑、替硝唑等。

如患者頭孢類抗生素過敏，可以選用氨曲南、左氧氟沙星、依替米星等藥物。如感染嚴重，又不能做手術，可以選用碳青黴烯類抗生素，如美羅培南、亞胺培南、厄他培南等。但是抗生素不是萬能的，如發現闌尾炎，還是建議首選手術切除根治。