兒童肥胖會引起個子矮小，過了青春期後肥胖的兒童通常會比較矮小，由於生長激素是影響兒童身高的重要激素，如果比較肥胖，生長激素的水平就會降低。生長激素常在夜間分泌，尤其後半夜時會出現分泌高峰時期，所以保證兒童的睡眠非常重要。肥胖的兒童，其生長激素分泌的高峰會消失，沒有明顯的峰值，所以生長激素會受影響。

由於肥胖的兒童受血糖和精氨酸的影響，所以生長激素的分泌不旺盛。但是早期肥胖的兒童由於發育較早，所以可能較高，但經過一段時間發育，如青春期後會出現肥胖的兒童較矮小。