減重代謝手術的副作用與其他腹部手術類似，具體如下：

1、出血：術後最為常見的併發症，患者早期可能出血，甚至出現消化道大量出血癥狀；

2、消化道瘻：包括胃瘻、空腸瘻、吻合口瘻等；

3、遠期併發症：包括營養不良、甲狀旁腺功能亢進、內疝、腸梗阻等；

4、反彈：進行減重手術後，如患者依從性較差，可能導致體重反彈。