甲狀腺微創消融術後後遺症主要包括兩個方面，即短期後遺症和長期後遺症，具體如下：

1、短期後遺症：即手術後即刻的反應，主要包括頸部腫脹，是術中為保護甲狀腺打隔離帶、生理鹽水所致，一般1-2天即可恢復。若腫塊靠近神經，可能出現一過性熱損傷，術後幾天內大部分也可恢復，極個別患者3個月之內可以完全恢復。術前均需進行喉鏡評估，聲帶功能正常的患者才可進行消融治療，一側損傷後另一側可以代償；

2、長期併發症：良性結節比較大，可能做不到徹底消融，因此後期個別患者可能局部復發。如果患者沒有症狀，其實可以不處理，如果後期長大比較明顯，可以做二次補充消融。

對於甲狀腺微小癌患者，僅對結節本身進行消融，沒有處理淋巴結，因此後期存在小概率的淋巴結復發風險。一旦出現復發，需及時進行手術干預。對於甲狀腺惡性結節患者而言，術後隨訪非常重要，早期發現淋巴結轉移，早期進行干預，對患者的長期生存有明顯差異。