甲狀腺結節穿刺的操作時間不長，通常在10-20min即可完成。甲狀腺結節穿刺的操作目的是為了明確甲狀腺結節的性質，是良性還是惡性。操作通常不需要到手術室進行，在B超室即可。B超醫生對甲狀腺結節病變的位置和深淺做定位，並在患者的體表做標記。

操作的通常是普外科醫生或甲乳外科醫生，先局部進行清潔、消毒，注射局部的麻醉藥物，減少操作時所帶來的不適、疼痛感覺。甲狀腺穿刺通常用10mL的注射器，即醫學所指的細針穿刺，通常穿刺3-5次，獲得足夠量的甲狀腺結節的組織，送到病理科，病理科醫生會做進一步的化驗，給出明確的病理診斷報告。整個操作過程患者在局麻下，耐受非常好，患者不必恐懼手術時間過長或會造成疼痛。