亞甲炎不治療有可能自愈，因為亞甲炎本身屬於自限性疾病，可以通過人體自身調節自行恢復。亞急性甲狀腺炎通常繼發於病毒感染，例如流感病毒或腮腺炎病毒的甲狀腺亞急性炎症，如果無明顯疼痛通常無需進行治療。可能自己痊癒，亞急性甲狀腺炎早期主要存在發熱、頸部疼痛等症狀，如果患者就診主要是因為發熱或疼痛症狀，以退熱、止痛等對症治療為主。

中期症狀主要會出現甲狀腺功能減退，患者會出現乏力或體重增加明顯，此類情況需要檢查甲狀腺功能。如果出現甲狀腺功能減退需要以糾正甲減治療為主，亞急性甲狀腺炎屬於自限性疾病，預後較好，通常不會遺留甲狀腺功能減退。大部分患者可以恢復正常，但如果處於急性期，自愈可能性較小。亞甲炎本身具有一定複發率，因此亞甲炎患者建議進行規律治療，因為規律治療可以保證亞甲炎的複發率下降使甲狀腺功能得到儘快恢復。