骨髓活檢存在疼痛，血液系統疾病中屬於常規檢查，不能通過外周血檢測代替骨髓活檢或骨髓塗片檢測手段。因此目前需要通過骨髓細胞學塗片和骨髓活檢對疾病進行確診。大部分患者都可以耐受此類疼痛，包括兒童。

此外，充分了解骨髓穿刺過程可以減少緊張，患者進行一次骨髓穿刺以後可以減少恐懼感。因為骨髓穿刺時先在皮膚進行局部麻醉，進針時可能存在輕度疼痛。穿刺針進入皮膚、骨髓組織時，疼痛感較輕，大部分感覺以酸脹為主。