小兒急性腎炎由感染引起，絕大多數是A組溶血性鏈球菌感染後引起的免疫複合物沉積在腎小球，引起腎小球腎炎。最常見於上呼吸道感染和扁桃體炎，佔一半以上，其次是皮膚感染，約佔1/4。病原體除了A組β溶血性鏈球菌外，還有其它細菌，如綠色鏈球菌、金黃色葡萄球菌等。病毒也可以引起，如柯薩奇病毒、麻疹病毒、腮腺炎病毒等。
另外，像瘧原蟲、支原體等寄生蟲也可引起急性腎炎，發病機理主要是感染後鏈球菌的某些成分成為致病源，誘發免疫反應，體內循環的免疫複合物沉積在腎小球基底膜，然後激活補體、中性粒細胞和炎症細胞浸潤等，引發腎臟疾病，導致毛細血管腔不同程度的阻塞，毛細血管內皮細胞、系膜細胞增生，出現血尿、蛋白尿、水腫、高血壓，並且有一過性的腎功能衰退。
總之，急性腎小球腎炎主要是由鏈球菌感染引起，其它的病原體也能引起，但比較少見。