多囊腎目前無有效治療手段，仍以保守治療為主。目前研究顯示囊腫增長速度與抗利尿激素分泌有關，即機體抗利尿激素分泌越多，囊腫生長速度可能越快。因此大量飲水可幫助減緩腎臟囊腫生長，除大量飲水外還需注意休息，清淡飲食，避免進食巧克力、甜食等。存在高血壓患者，需在醫生指導下積極使用降壓藥控制血壓在正常水平，若血脂高則需及時調整飲食。如果調整飲食無好轉，需應用降脂藥將血脂控制在正常範圍內。

若囊腫形成疼痛可應用止痛藥緩解症狀，存在出血需積極進行止血治療。特異性抑制囊腫生長的藥物可為託伐普坦，為抗利尿激素VI受體拮抗劑，研究結果顯示託伐普坦可使腎臟體積增長速度明顯放慢，還可使腎小球濾過率下降速度放緩，但目前此藥主要適用於病情較嚴重的多囊腎患者。