心內膜墊缺損是一個先天發育的問題，病因目前尚不明確，可能是由於孕婦在懷孕期間受到了X線照射，或是吃了某些致畸的藥物，可能是由於過度勞累所致，也可能沒有什麼原因，只是由基因變異導致的一種心臟的發育性疾病。

孕婦在懷孕期間需注意不要隨便接觸X線照射，不要吃過剩的食物或汙染的食物。一定要在醫生的指導下用藥，不可隨意服用藥物，以免胎兒發生先天性疾病。