腎小管性酸中毒比較常見的症狀會出現噁心、嘔吐、食慾減退，甚至心律失常的情況，而且往往還伴有呼吸節律改變。酸中毒的時候，會出現反覆發作的噁心、嘔吐。嚴重的腎小管酸中毒，還會有出現高鉀血癥。高鉀的時候會出現心率減慢，甚至會給患者帶來一定的生命危險。
酸中毒嚴重的時候還會出現呼吸節律的變化，會出現深大的呼吸，呼吸加深，而且幅度加大，呼吸頻率會出現減慢的情況。
腎小管酸中毒還可能合併有遺傳病，還會伴有生長發育方面的障礙，包括智力異常或者發育異常。