環磷酰胺治療紅斑狼瘡並沒有確切的時間節點，部分人可能需要1-2年，甚至更長的時間，部分人可能3-5個月需更換其他藥物，主要是根據紅斑狼瘡患者具體的病情及對藥物的治療反應決定。目前應用紅斑狼瘡並沒有最大的劑量，以前紅斑狼瘡患者應用環磷酰胺10-12g便需停藥。目前用環磷酰胺12g以後，如果患者病情允許，耐受性也比較好，可以繼續應用，但是會延長用藥的間隔時間。

對於經過環磷酰胺治療，穩定以後的紅斑狼瘡患者，已經進入非常平穩的緩解期。此時，可能會停用環磷酰胺，應用硫唑嘌呤或者其他的免疫抑制劑，停止應用環磷酰胺進行治療。因此，對於紅斑狼瘡患者，應用環磷酰胺是個體化的治療應用方案，會根據患者病情的輕重、藥物不良反應以及藥物對其治療反應，從而決定具體需使用的時間。患者需按照臨床醫生的指導進行服藥，在用藥期間，也需密切監測環磷酰胺的不良反應。