紅斑狼瘡晚期具有致死可能。在80年代臨床對自身免疫性疾病治療不成熟時，本病患者死亡率很高，20%-30%患者發病後2-3年會因為器官衰竭死亡。

但是，在最近30年自身免疫醫學有突飛猛進的發展，使用大量免疫抑制劑、糖皮質激素以及生物製劑、靶向藥，不但可以渡過危險期，在後期病情控制方面也可長久維持。20歲患者如果控制好，可以存活至50-80歲，治療該病過程中需要長久隨訪。