甲氨蝶呤可以治療類風溼關節炎，類風溼關節炎是風溼免疫科中常見的一種毀損性關節炎，臨床特徵以對稱性小關節受累為主。類風溼關節炎的治療一線首選用藥是甲氨蝶呤，但有的患者提出甲氨蝶呤是否是治療類風溼關節炎的藥物，主要是由於甲氨蝶呤初期應用時適應症主要是白血病、實體腫瘤，並沒有將風溼性疾病納入到治療範圍內。

隨著對類風溼關節炎的病因、發病機制以及病理的不斷深入研究，發現類風溼關節炎患者的滑膜中也存在淋巴細胞不當增殖等情況，應用甲氨蝶呤治療後，觀察到參與治療患者的滑膜炎以及淋巴細胞的增生都受到一定抑制，而且對類風溼關節炎所引起的骨破壞也有一定的保護作用。所以在國內以及國外的治療指南中，都將甲氨蝶呤列為治療類風溼關節炎的一線首選用藥。所以如果臨床醫生建議類風溼關節炎患者應用甲氨蝶呤，並非為濫用藥物，建議患者根據指導應用，同時監測藥物相關不良反應。