三叉神經痛手術後疼痛依然存在的原因需要具體分析，可能每一個病人遇到的情況不一樣，三叉神經分成三支，每一支所管的區域不一樣：額支主要分佈在前額部位；第二支主要是分佈在上頜位置；第三支是分佈在下頜位置。每一區域的疼痛相對應三叉神經受累的手術方法不一樣。

三叉神經射頻和球囊壓迫手術所能治癒的是三叉神經的第二支和第三支。而針對於三叉神經的第一支，如果進行三叉神經射頻熱凝術，可能會造成眼瞼潰瘍、角膜潰瘍，造成視力下降，所以一般不採用周圍支破壞的方法。三叉神經痛手術之後會出現疼痛仍然存在主要是因為手術方式選擇不一樣。

另外三叉神經微血管減壓手術，可以根治三叉神經痛不侷限於二、三支，它可以做到一、二、三支同時治療。但是即使做了三叉神經的顯微血管減壓手術，仍然有5%左右的病人術後仍然存在疼痛。這是因為三叉神經的壓迫解除之後，神經變性並不能夠及時恢復，可能需要一段時間來慢慢自我癒合、自我修復。