部分系統性血管炎預後較差，會影響壽命，尤其是ANCA相關性小血管炎，累及腎臟，腎功能受損後往往難以逆轉；還有部分肉芽腫性血管炎，導致眼球突出、鼻竇破壞，預後也較差；還有部分中樞性血管炎，導致中風的幾率較高。但部分皮膚血管炎，預後相對較好；還有輕型的白塞氏病，除了口腔潰瘍外，無其他系統損害，預後也較好；另外，部分大血管炎控制及時，預後也較好。