新生兒5mm房間隔缺損產生左向右的分流量較小，定期觀察即可，少數患兒可能自愈，大多數自愈的可能性較小。因為房間隔缺損和室間隔缺損不同，室間隔缺損特別是位於膜周部或三尖瓣隔半瓣，由於血流衝擊、組織粘連，可能出現自愈。
對於房間隔缺損來說，房間隔組織較薄弱，所以自愈能力較小。因此，對於新生兒房間隔缺損5mm，可以定期複查心臟超聲，如果不能自行閉合，必要時可以等患兒年齡較大時進行介入或手術治療，以達到臨床治癒的目的。