反應性關節炎往往有原發腸道感染以及泌尿道感染，多數患者針對性治療需在1-2年以上，病情才能控制穩定，療程比類風溼關節炎短。對於類風溼關節炎，主張治療三年以上才能達到控制，使疾病處於穩定或者低活動狀態。

反應性關節炎在治療上需要使用抗生素，因為該病與風溼熱、咽喉部鏈球菌感染等相似。明確腸道、泌尿道反覆感染後可加用抗生素以及免疫抑制劑，比如柳氮磺胺吡啶、沙利度胺、甲氨蝶呤等這類藥物。