支原體感染不治療，可能不會出現不良後果。部分男性患者做精液培養時，經常能夠檢查出支原體感染，但精液質量並未出現任何異常，甚至部分已經孕育生命，如無異常可暫時不予治療。支原體感染屬於常見現象，多數人群支原體可能於體內寄生，若未造成影響可不進行治療。若存在影響，如導致男性尿道炎影響精液質量，或引起女性陰道感染、盆腔炎等，則需進行相應治療。

支原體感染通常使用抗生素治療，因為支原體培養時，可進行藥敏試驗，可根據藥敏試驗結果選擇敏感抗生素治療，治療後可進行復查，明確支原體有無轉陰。支原體治療後，多數患者可治癒，但少數患者可能比較頑固，治療無效或轉陰後出現反覆，此時需明確影響程度，決定是否需繼續治療。