支原體感染有可能復發，支原體可引起尿道炎、前列腺炎等疾病。引起尿道炎後，需進行規範足夠療程治療。通常療程為約2周，1個療程未治癒，可增加療程。治癒後症狀消失，化驗未發現支原體，以及尿常規為陰性等。

以上情況並不說明體內不存在支原體，由於尿道黏膜下可能存在少量支原體，人體抵抗力降低時，支原體產生繁殖、增生，達一定程度可再次出現感染。因此支原體感染有可能復發，治療較徹底可保證長時間不復發。