支原體感染與其他病原體感染相同，都存在復發問題，如果治療不徹底，病變還在身體上存在，只是因為用藥暫時被抑制，沒有把病原體完全清除，一旦身體抵抗力下降，或者抑菌的藥物被體內排洩、代謝以後，殘留的支原體可以再度增殖、繁殖，侵犯正常器官組織，還會繼續引起感染。

所以，支原體感染復發的因素，包括沒有徹底清除支原體、免疫力和抵抗力下降等，給支原體再次感染創造可趁之機。另外，支原體感染本身有特殊性，可能發生某些變異或者致病力加強，也可能導致復發。