兒童敗血症作為感染性疾病，由於感染病原微生物不同需要不同療程。一般敗血症需要進行抗感染治療7-10天，當臨床症狀好轉，也就是體溫恢復正常2-3天以上，感染症狀見好轉，比如咳嗽、咳痰，或尿頻、尿急，以及相應感染症狀好轉，一般療程需要7-10天。當臨床反應不佳時，或者局部感染灶難以進行充分引流，或合併免疫功能低下時，抗感染時間就要適當延長。

在血培養陰性情況下要進行抗感染治療，一般是要在臨床症狀好轉，也就是體溫正常，局部感染症狀緩解、減輕情況下，或感染指標恢復正常，再繼續治療5-7天。如果治療不積極或者療程不夠，可導致感染反覆、遷延不愈。在血培養陽性情況下，需要積極治療10-14天，原則上要求，對於出現嚴重併發症的敗血症療程需要3-4周，最好經過足量足療程的抗生素治療，可以再次採集血液的標本進行細菌相應的培養，出現至少兩次陰性結果說明治療比較徹底、有效，應停止治療。