小兒腮腺炎多數是腮腺炎病毒引起的流行性腮腺炎。由於腮腺炎病毒對於腺體組織和神經組織具有高度的親和性，可使多種腺體發生炎症改變，比如腮腺、舌下腺、頜下腺、胰腺、生殖腺等，也可侵入神經系統，導致嚴重的神經病變。如侵入中樞可併發腦膜腦炎，表現為發熱、頭痛、嘔吐或侵犯腦實質，可出現嗜睡、抽搐、昏迷，可能遺留後遺症，甚至死亡。

病毒侵犯男孩睪丸，可出現單側或雙側睪丸腫痛，約1/3病例發生不同程度的睪丸萎縮，可能導致不育症；侵犯青春期女孩卵巢可出現下腹痛、月經不調；侵犯胰腺可合併胰腺炎，表現為上腹疼痛；侵犯聽神經不易被發現，可能造成永久性耳聾。