唾液腺囊腫包括唾液腺黏液囊腫和腮腺囊腫，唾液腺黏液囊腫包括小唾液腺囊腫和舌下腺囊腫。黏液囊腫根據病因可分為外滲性和瀦留性，外滲性較為多見，約佔80%，由導管破裂唾液滲於周圍的組織間隙所形成，由外傷導致；瀦留性較為少見，約佔20%，是由於導管部分阻塞，唾液瀦留導管囊性擴張所致，因此導管細小或過於彎曲的人容易患有囊腫。局部炎症會破壞導管口，阻礙唾液分泌，容易導致患者發病；唾液分泌過於黏稠的人患病風險較高；分泌的唾液中含鈣成分較高，容易形成小結石，堵塞導管同樣容易發病；唾液分泌功能亢進的人，例如青少年唾液腺功能發達，分泌量大，同樣容易導致發病。

腮腺囊腫分為瀦留性和先天性，而瀦留性病因和瀦留性黏液囊腫的病因相同；先天性腮腺囊腫包括皮樣囊腫、鰓裂囊腫和先天性導管囊狀擴張，屬於先天性發育異常所致。