腮腺區可以發生囊腫，但是發生率較低，主要是在發育過程中沒有正常吸收上皮分泌液體形成的囊腔引起的。魚類有鰓，人也一樣，在胚胎期間有第一到第四，四個腮弓，當其退縮的上皮沒有完全吸收時，會形成小水庫樣的腮腺區囊腫，即鰓裂囊腫，特別是第二鰓弓。
腮腺發生更多的是腫瘤或者炎症，腫瘤在腮腺區主要以良性腫瘤為主，佔70%，多見混合腫瘤，也有少數是惡性腫瘤。炎症主要是腮腺炎，也會引起腮腺腫大，特別是年老體弱病人，會出現化膿性腮腺炎。所以腮腺區囊腫發生的較少，多數是發育性的。發現腮腺區有腫大時，儘量要到門診鑑別到底是囊腫還是腫瘤，如果是腫瘤需要開刀；如果是炎症，可以用內科方法緩解。