小兒淋巴結結核大多預後良好，患者沒有耐藥情況時，結核的治癒率總體在90%-95%以上，當存在以下情況時將影響治癒：

1、機體存在耐藥的情況；

2、在結核病治療過程中出現藥物不良反應，因為結核病治療，包括小兒淋巴結結核的治療不只是需要一種藥，而是需要三種甚至四種藥物的治療。藥物治療時藥物種類比較多，同時淋巴結結核的治療最少需要一年，患者在長時間大量服藥過程中會出現各種各樣的不良反應，如常見的肝功能損傷、白細胞降低、藥物過敏、發燒等情況。

綜上影響治癒的因素，首先是否出現耐藥，關鍵因素是治療過程能否順利進行，是否出現藥物不良反應。當患者既不耐藥，又不出現藥物不良反應，能夠正規完成療程時，經過最少一年的治療，大多患者可以治癒。