淋巴結核屬於全身結核病，治療應以綜合治療為主。因此需要堅持早期、聯合、規律、全程、足量的治療原則。總體的治療方案是在應用抗結核治療的同時，輔以局部的淋巴結穿刺、抽膿以及注射抗結核藥物治療。對於沒有合併症的肺外結核患者，原則上採用初治菌陽的治療方案，總的療程是12-18個月。在正規的抗結核治療過程中，約20%的淋巴結核會形成淋巴結的結核性膿腫，若局部病灶經過治療以後沒有變化，或者病灶出現液化的膿腫形成，部分病人可能出現破潰的繼發感染，需要手術進行治療。
治療淋巴結核還可以予以中藥治療，也就是在全身抗結核治療的基礎上，輔以結核丸、貓爪草等中藥治療。同時根據患者的免疫功能檢測，也可以加入輔助的免疫治療。目前結核的免疫輔助治療分為2大類，有細胞的因子製劑，如γ干擾素，白介素等；還有生物製劑，如胸腺肽、草分枝桿菌的疫苗以及卡提素、母牛分枝桿菌疫苗等。對於淋巴結核的外科治療，手術治療方式主要有穿刺、抽膿、注藥、切開引流及填塞換藥、淋巴結切除及壞死病灶組織的清掃術，手術以後應該繼續抗結核治療12個月。