血吸蟲病根據病程分為急性血吸蟲病、慢性血吸蟲病和晚期血吸蟲病。急性血吸蟲病的治療以住院治療為主，對症治療以及給予抗血吸蟲病的藥物，吡喹酮口服6日療法，很快會恢復健康。對於慢性血吸蟲病，主要給予口服吡喹酮2日療法，並輔助以護肝、改善腸道循環治療，輕中度患者治癒率可達80%，重度患者治愈率可以達到70%。晚期血吸蟲病的治療，主要是以治療其併發症為主，包括肝硬化、消化道出血等嚴重併發症的治療。血吸蟲病治療需殺蟲2-3次，蟲卵容易沉積在肝臟和腸道，導致肝腸循環障礙、肝腸纖維化，從而可能會引起肝臟和腸道的腫瘤，治療需定期護肝、改善腸道循環。血吸蟲病的治療效果，主要與接觸疫水次數、接觸疫水時間、接觸疫水面積以及感染程度相關，急性輕症的及時治療可以治癒；嚴重感染、反覆感染或治療不及時，可能發展為慢性或是晚期血吸蟲病，需要長期治療。