皰疹病毒感染可自愈，即使不用藥也可恢復。單純皰疹感染造成的口腔炎在1-2周可好轉，通常不會超過兩週，除非少數特殊情況。

治療過程中，患者需充分休息，休息可提高抵抗力，使病毒複製減少。且需給予一定的支持治療，食用富含營養的食物，也可提高免疫力。當患者免疫力提高後，皰疹自然會痊癒。而除支持治療外，還存在對症治療。對於口腔裡多個破潰部位，局部用藥可減輕疼痛，加速癒合。