對於幽門螺桿菌感染後的清除，中華醫學會幽門螺桿菌學組推薦的治療方案有7種，主要是由4種藥物組成，常見藥物如下：

1、質子泵抑制劑：現在市面上有5種，包括奧美拉唑、雷貝拉唑、泮托拉唑、蘭索拉唑以及艾司奧美拉唑；

2、兩種抗菌素：儘可能選擇耐藥率低的抗菌素，如果難以提供耐藥率低的藥物，比如呋喃唑酮或四環素等，可以採用耐藥率低的青黴素聯合其它中等度耐藥的抗菌素組成組合進行應用，比如可以選擇阿莫西林加克拉黴素或阿莫西林加左氧氟沙星，或阿莫西林加甲硝唑，較好的選擇應該是阿莫西林加呋喃唑酮，阿莫西林加四環素或呋喃唑酮加四環素，此類選擇耐藥發生的幾率比較低，清除效果的相對比較好；

3、鉍劑：現在臨床上使用比較多的是果膠鉍，或枸櫞酸鉍鉀都可以選擇。

另外患者還需要注意，因為中國幽門螺桿菌感染率比較高，並且相應藥物的耐藥也比較高，所以幽門螺桿菌學組推薦用於幽門螺桿菌的療程儘量用夠2周即14天，以此可以獲得比較高的清除率，能夠在90%以上。