滴蟲感染時，標準的治療方案是採取口服的甲硝唑治療。如果陰道分泌物較多、瘙癢較為嚴重，合併尿頻、尿急等泌尿系感染症狀時，在口服甲硝唑的同時，也應該給予陰道上藥。在陰道上藥之前，可以用清水洗淨外陰，同時給予甲硝唑栓劑進行治療，週期通常為1周。

因滴蟲感染是性傳播性疾病，所以需要夫妻雙方或者性生活的伴侶，均進行檢查和治療。通常治療1周以後停藥3天，到門診進行復查，醫生採取懸滴法或者培養法觀察，如果滴蟲消失則為治癒。患者要進行定期複查，通常複查2-3個週期，如果滴蟲均為陰性，即為感染治癒。在治療期間不能有性生活，才能達到徹底治癒的目的。