患者出現上呼吸道感染後，通常需要明確病原體性質。在前期尤其在前3天，多數均為病毒感染，此時無需使用抗細菌藥物治療；而到後期時，通常會合並細菌感染，此時患者可應用抗細菌藥物。

此外，部分情況下，可能並非僅存在細菌感染，亦存在非典型病原體感染，需給予關注與治療。通常上呼吸道感染，主要為患者帶來症狀，包括咳嗽、咳痰、流涕等，因此對症治療也較為關鍵，應進行止咳、化痰等治療。臨床可通過藥物、霧化、噴劑等方式進行處理，均可取得良好效果。