幽門螺桿菌感染後根據不同人群，建議有所區別。目前國內推薦四聯療法，即使用四種藥物治療，包括兩種抗生素，如阿莫西林、克拉黴素 、甲硝唑、喹諾酮類以及四環素、呋喃唑酮等藥物中選擇。對於沒有青黴素過敏的患者，首推阿莫西林加另外一種抗生素，根除率較高，另兩種藥物為質子泵抑制劑和鉍劑，通常療程為10-14天。

如果患者只是體檢發現幽門螺桿菌但並無任何相關症狀，並非一定要行根除性治療。我國幽門螺桿菌感染率較高，如果盲目根除，將來可能無藥可施。但對於有胃癌家族史、消化性潰瘍、胃淋巴瘤以及嚴重糜爛性胃炎、胃萎縮者，建議積極進行根除治療。