感染性結膜炎，通常可以針對病因使用抗生素眼藥水，包括細菌、病毒、真菌感染等，其它藥物也可以緩解症狀，常見藥物如下：

1、抗生素滴眼液：包括紅黴素滴眼液、氧氟沙星滴眼液、夫西地酸滴眼液等；

2、抗病毒滴眼液：通常可以使用更昔洛韋眼用凝膠；

3、抗真菌滴眼液：可以使用那他黴素滴眼液、酮康唑滴眼液等抗真菌藥物。

如果出現感染性結膜炎，同時還可能會使用某些共性藥物，例如普拉洛芬眼藥水、色甘酸鈉眼藥水等，可以緩解眼表疼痛，減輕眼表組織水腫。另外患者還可以使用眼表修復劑，包括重組牛鹼性成纖維細胞生長因子滴眼液、表皮細胞生長因子滴眼液等，可以緩解眼表不適、乾眼或異物感等不適症狀，同時部分患者由於乾眼會使用人工淚液，如玻璃酸鈉滴眼液等。此外感染性結膜炎患者需要注意，在每天晚上睡覺前進行眼膏塗抹，可以維持眼表藥物的有效程度。