泌尿系感染是一種常見病，需要和某些疾病相鑑別，以便於治療。泌尿系感染常見症狀是尿頻、尿急、尿痛，如果出現血尿，需要通過尿脫落細胞學檢查、超聲檢查、膀胱鏡檢查，確定是否存在腫瘤。如果出現疼痛，可以通過超聲檢查、CT檢查等，確定是否存在結石。同時某些疾病也會導致尿頻、尿急、尿痛等症狀，比如先天性畸形中的尿道下裂，通常通過臨床查體作出判斷。

而女性出現泌尿系感染症狀時，應該考慮是否存在陰道炎、生殖器潰瘍或淋病，通過婦科檢查可以明確。如果患者存在異常陰道分泌物或外陰炎，通常可以做出鑑別，盆腔雙合診可以用來排除盆腔腫塊和盆腔炎。對存在下尿路症狀，但沒有感染證據的女性患者，應該與引起下尿路症狀的其他疾病相鑑別，如膀胱過度活動症，若診斷為膀胱過度活動症，通常需要做尿流動力學檢查。如果小便常規沒問題，則考慮是否為其他疾病，需要到專門的泌尿外科醫生處，進一步診斷和治療。

青年男性的尿性感染症狀，需要與前列腺炎引起的下尿路症狀相鑑別。中老年男性則需要與前列腺增生等疾病，引起的下尿路症狀相鑑別。對抗菌藥物治療無效的尿路感染，應除外泌尿繫結核的可能。