根據世界衛生組織推薦的百日咳免疫程序，採用基礎免疫和加強免疫。我國百日咳疫苗基礎免疫通常是從嬰兒生後3個月開始接種，可以使用百白破三聯製劑，含有百日咳菌苗、白喉類毒素以及破傷風類毒素，屬於免費疫苗，在兒童3-5月齡各接種一次完成基礎免疫；1年以後強化一次，完成加強免疫。

最好選擇在兒童身體健康時接種疫苗，百日咳疫苗接種還可以使用能夠預防百日咳、白喉、破傷風、B型流感嗜血桿菌的四聯疫苗，或能夠預防百日咳、白喉、破傷風、B型流感嗜血桿菌、脊髓灰質炎的五聯疫苗。四聯和五聯疫苗在兒童3-5月齡進行三針基礎免疫，1歲半時進行一針加強免疫。