百日咳綜合徵是類似於百日咳的一系列症狀的綜合徵，但和百日咳也有明顯的不同。雖然它們都有反覆、頻繁的劇烈咳嗽，但是百日咳綜合徵很少會發生在咳嗽末期出現雞鳴樣的體徵。因此，百日咳綜合徵需要和百日咳鑑別。主要的鑑別的要點有以下幾點：
1、它們的病因不一樣。百日咳主要是由於百日咳嗜血桿菌引起的感染，而百日咳綜合徵的原因還不是很明確，主要見於腺病毒的感染。因此它們在臨床辨別上雖然症狀類似，但是病因不同，轉歸也不同。需要到正規的醫療機構去做相應的甄別，進行相應檢查；
2、百日咳綜合徵，要明確其主要症狀與百日咳的不同之處；
3、在治療過程中，百日咳綜合徵主要是對症治療，保證氣道通暢，減少咳嗽對人體造成的一系列病理、生理學反應。