附子理中丸的功效主要是溫中健脾，因為含有附子和乾薑，幫助溫陽，特別是中焦之陽，即脾胃。主要用於治療脾胃虛寒或脘腹冷痛，特別是存在嘔吐、腹瀉、常年便溏的患者。

通常有無脘腹冷痛難以判斷，但可以觀察四肢，例如手腳冰涼伴有腹瀉的患者服用附子理中丸較好，急性胃腸炎造成的腹瀉則不適合服用。另外，該藥不可長期使用，並且過敏體質的患者或妊娠期婦女需要謹慎用藥。因為該藥含有附子，所以部分患者服用會出現血壓增高，一旦出現血壓增高、頭痛、心悸等症狀立即停藥。總之，附子理中丸使用時主要應用溫中健脾的作用，但是需要注意副作用，比如會引起血壓升高。