自身免疫性腦炎的治療包括幾個方面：

1、免疫治療合併腫瘤的患者要進行切除腫瘤等抗腫瘤治療，對於癲癇發作和精神症狀等症狀治療，還包括一般性支持治療以及康復治療等。免疫治療分為一線免疫治療、二線免疫治療和長程免疫治療，如一線免疫治療常用的藥物包括糖皮質激素，靜脈注射用的免疫球蛋白和血漿交換。二線免疫治療包括利妥昔單抗，靜脈用的環磷酰胺，主要用於一線免疫治療效果不佳的患者。長程免疫治療藥物，主要包括嗎替麥考酚酸酯、硫唑嘌呤等，主要用於復發病例；

2、針對腫瘤治療，抗NMDA受體腦炎患者一經發現卵巢畸胎瘤，要儘快予以切除，對於未發現腫瘤但是年齡在12歲以上的女性，建議發病以後4年以內，每6-12個月進行一次盆腔超聲檢查。自身免疫性腦炎患者如果合併惡性腫瘤，應由相關的專科進行抗腫瘤治療，在抗腫瘤治療期間，一般需要維持其對自身免疫性腦炎的免疫治療，以一線免疫治療為主；

3、合併癲癇治療，自身免疫性腦炎的癲癇發作，對於抗癲癇藥物反應較差，可選用廣譜抗癲癇藥物，比如苯二氮卓類、丙戊酸鈉、左乙拉西坦等；

4、對精神症狀的控制，可以選用的藥物包括奧氮平、氯硝西泮、丙戊酸鈉、喹硫平等，需要注意藥物對意識水平的影響，以及錐體外系的不良反應等。免疫治療起效以後要及時減停抗精神病的藥物，具體的治療方案要結合病人的自身情況，做到個體化，以醫生的具體指導為準。