單皰腦炎臨床上比較常見，患者嚴重時可能會出現意識障礙，包括昏迷狀態、去大腦皮質狀態和植物狀態。患者也可能會引起痴呆，也可能會出現精神症狀和癲癇發作等各種表現。

如果患者是單純腦炎，輕症時主要表現為頭痛、噁心、嘔吐、發熱，也可以出現肢體感覺障礙或者運動功能障礙，包括肢體麻木、痛，也可以出現肢體無力或者一側肢體癱瘓等，患者也可能會出現語言障礙，可以表現為構音障礙或者失語，也可以出現偏盲象限盲，有些患者也可能會出現失明。如果腦炎病變侵犯到腦幹和小腦可以出現頭暈，也可能會出現平衡障礙、吞嚥困難、飲水嗆咳等。