新生兒的抵抗力比較弱，血腦屏障發育不完善。新生兒在發生上呼吸道感染、皮膚感染、腸炎、臍炎、肺炎或者存在宮內感染的情況下，都可以引起腦炎。

新生兒有嚴重感染症狀，高熱不退或者高度懷疑腦炎的時候，一定要及時完善腰穿檢查。新生兒腦炎主要分為細菌性腦炎和病毒性腦炎，在新生兒當中發病率比較高的是細菌性腦膜炎，常見的病原菌有大腸埃希菌、金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌。細菌性腦膜炎是發生於腦膜的炎症，病毒性腦炎是發生於腦實質的炎症。