一般來說兒童腦炎好了以後仍然頭痛的原因，主要是由於腦神經細胞的損傷沒有完全修復引起的，因為雖然兒童的腦炎已經好轉，沒有發熱、抽搐、嘔吐等急性的表現，但是腦神經細胞的修復是需要一個較長的過程，這就會引起兒童長時間頭痛。

針對於這種情況可以給兒童應用營養腦神經的藥物來進行調理，比如可以給兒童應用腦蛋白水解物，這個藥物可以營養腦神經，從而緩解由於腦炎以後引起的長時間頭痛，並且安全性是比較好的。