腦炎一般按照引起的病因可以分為三大類：

第一類，病毒性的腦炎；

第二類，細菌性腦炎。其中病毒性腦炎根據發病的緩慢情況，又可以分為急性病毒性腦炎和慢性病毒性腦炎，急性病毒性腦炎病情出現比較快，發展快速，神經系統的症狀在短時間內就達到高峰，而慢性病毒性腦炎是指起病緩慢經過較長時間，如數月甚至數年症狀才會逐漸表現出來。引起病毒性腦炎最常見的是流行性乙型腦炎、呼吸道病毒所引起的腦炎，如麻疹腦炎以及散發性的病毒腦炎如單純皰疹腦炎、帶狀皰疹腦炎等等。細菌性腦炎是指細菌感染顱內所引起的炎症，一般通過腰椎穿刺檢查腦積液明確診斷。

第三類，自身免疫性腦炎，是由於自身抗原抗體反應導致的腦炎。