腸繫膜淋巴結炎主要由於病毒和細菌引起，主要以給予抗病毒、抗細菌藥物進行治療。抗細菌藥物包括頭孢類、喹諾酮類抗生素，抗病毒藥物包括阿昔洛韋，或其他抗病毒對症藥物。部分中成藥，如藿香正氣丸，對於病毒引起的腸道炎症疼痛，也可以起到比較好的治療。

患者有時會出現低溫、腹痛，應進行相應的鎮痛和退熱治療。同時注意排除是否為急性闌尾炎、輸尿管結石，或輸卵管扭轉等，需要手術的疾病引起的疼痛，以免延誤病情，危及生命。